【答案】:
 (1) $\pm 4$;$\pm 3$
(2) $\pm 6$;$5$
(3) $0$
(4) $6$;$3$
【解析】:
 (1) 16的平方根是求解$x$使得$x^2 = 16$,解得$x = \pm 4$;
$(-3)^2 = 9$,9的平方根是求解$x$使得$x^2 = 9$,解得$x = \pm 3$。
(2) $±\sqrt{36}$表示36的正负平方根,解得$x = \pm 6$;
$(±\sqrt{5})^{2}$表示5的正负平方根的平方,结果均为5。
(3) 一个数的平方根等于它本身,设这个数为$x$,则$\sqrt{x} = x$,平方得$x^2 = x$,解得$x = 0$或$x = 1$,但1的平方根为$\pm 1$,不等于它本身,所以只有$x = 0$满足条件。
(4) 若$4a+1$的平方根是$\pm 5$,则$4a+1 = 25$,解得$a = 6$;
若$x-3$的平方根只有一个,则$x-3 = 0$,解得$x = 3$。