解:设该水管原来的内径为$x$mm。
原来水管的横截面积为$\pi(\frac{x}{2})^2$,现在水管的内径为$(x - 2×3)=(x - 6)$mm,现在水管的横截面积为$\pi(\frac{x - 6}{2})^2$。
已知现在水管过水的横截面积减少到原来的$\frac{4}{9}$,则可列方程:
$\pi(\frac{x - 6}{2})^2=\frac{4}{9}\pi(\frac{x}{2})^2$
$解得x_1 = 18 $$x_2=\frac{18}{5}$
因为内径不能为$\frac{18}{5}$(当$x = \frac{18}{5}$时,$x-6=\frac{18}{5}-6=\frac{18 - 30}{5}=-\frac{12}{5}\lt0$,不符合实际意义)
所以该水管原来的内径为$18$mm。