$(1)$ 证明$\odot D$与边$BC$也相切
解:连接$DE$,过点$D$作$DN\perp BC$于点$N$。
因为四边形$ABCD$是菱形,所以$BD$平分$\angle ABC$。
因为$\odot D$与$AB$相切于点$E$,所以$DE\perp AB$。
又因为$DN\perp BC$,根据角平分线的性质:角平分线上的点到角两边的距离相等,所以$DE = DN$。
因为$DN$是点$D$到$BC$的距离,且$DN = DE$($DE$是圆$D$的半径),所以$\odot D$与边$BC$也相切。
$(2)$ 求图中阴影部分的面积
解:因为四边形$ABCD$是菱形,$AB = 2\sqrt{3}$,$\angle A=60^{\circ}$,所以$\triangle ABD$是等边三角形,则$BD = AB = AD = 2\sqrt{3}$,$\angle ADB = 60^{\circ}$,所以$\angle BDC=\angle ADB = 60^{\circ}$。
因为$DE\perp AB$,所以$AE=\frac{1}{2}AB=\sqrt{3}$,根据勾股定理$DE=\sqrt{AD^{2}-AE^{2}}=\sqrt{(2\sqrt{3})^{2}-(\sqrt{3})^{2}} = 3$,即圆$D$的半径$r = 3$。
因为$DH = DF = 3$,$\angle HDF = 60^{\circ}$,所以$\triangle HDF$是等边三角形。
$S_{\triangle HDF}=\frac{\sqrt{3}}{4}×3^{2}=\frac{9\sqrt{3}}{4}$,$S_{扇形HDF}=\frac{60\pi×3^{2}}{360}=\frac{3\pi}{2}$。
则$S_{阴影}=S_{扇形HDF}-S_{\triangle HDF}=\frac{3\pi}{2}-\frac{9\sqrt{3}}{4}$。
$(3)$ 求动点$M$经过的弧长
解:设$\triangle MDF$中$DF$边上的高为$h_{1}$,$\triangle HDF$中$DF$边上的高为$h_{2}$。
因为$S_{\triangle HDF}=\sqrt{3}S_{\triangle MDF}$,$S_{\triangle HDF}=\frac{1}{2}DF\cdot h_{2}$,$S_{\triangle MDF}=\frac{1}{2}DF\cdot h_{1}$,所以$h_{2}=\sqrt{3}h_{1}$。
因为$\triangle HDF$是等边三角形,边长为$3$,其高$h_{2}=\frac{\sqrt{3}}{2}×3=\frac{3\sqrt{3}}{2}$,则$h_{1}=\frac{3}{2}$。
所以$\angle MDF = 30^{\circ}$或$\angle MDF = 150^{\circ}$。
当$\angle MDF = 30^{\circ}$时,弧长$l_{1}=\frac{30\pi×3}{180}=\frac{\pi}{2}$;
当$\angle MDF = 150^{\circ}$时,弧长$l_{2}=\frac{150\pi×3}{180}=\frac{5\pi}{2}$。
综上,动点$M$经过的弧长为$\boldsymbol{\frac{\pi}{2}}$或$\boldsymbol{\frac{5\pi}{2}}$。